Johannes Pfeiffer studierte Oboe bei Prof. Gerd-Albrecht Kleinfeld in seiner Heimatstadt Berlin. Nach Abschluss des Studiums im Jahr 2001 wurde er Mitglied der Orchesterakademie bei der Staatskapelle Berlin e.V. und nahm Einflüsse zahlreicher Oboisten verschiedener Berliner Orchester auf. Bereits ein Jahr später wurde er als Koordinierter Solo-Oboist bei der Dresdner Philharmonie verpflichtet. Gastengagements führten ihn u.a. zur Sächsischen Staatskapelle Dresden, dem Gewandhausorchester Leipzig, dem SWR Symphonieorchester Stuttgart, dem Deutschen Sinfonieorchester Berlin sowie zum renommierten Münchner Kammerorchester.
Neben der Tätigkeit im Orchester und Auftritten als Konzertsolist widmet sich Johannes Pfeiffer regelmäßig der Kammermusik. Gemeinsam mit Mitgliedern führender deutscher Orchester und führenden Nachwuchsformationen wie dem Morgenstern-Trio oder dem Ensemble Mediterrain gab er Konzerte in Deutschland, Brasilien, Südkorea, der Schweiz und der Ukraine.
Johannes Pfeiffer betreute einige Jahre als künstlerischer Leiter eine Kammerkonzertreihe in Hartenstein/Sachsen. Als große Bereicherung zu seinem musikalischen Schaffen schloss er zudem im Sommer 2017 den dreijährigen Ausbildungsweg „Fortbildung und Studiengang am Lichtenberger Institut“ ab. Auf fachübergreifender wissenschaftlicher Basis ist dessen Ziel, die Zusammenhänge und gegenseitigen Beeinflussungen zwischen dem Klang (und der Vibration als dessen Ursprung) einerseits und den vielfältigen unwillkürlichen Realitäten des Körpers andererseits erlebbar und nutzbar zu machen.