Emily Magee wurde an der Indiana University von der berühmten Sopranistin Margaret Harshaw ausgebildet und gewann mehrere Gesangswettbewerbe. Ihr Debüt als Fiordiligi, als sie 1994 - noch als Mitglied des Lyric Opera Center for American Artists - für einen kranken Kollegen in Mozarts Così fan tutte an der Chicago Lyric Opera einsprang, markierte ihren Durchbruch. 1996 gab sie ihr Europa-Debüt in der gleichen Rolle an der Opéra National de Paris. Emily Magee erregte erstmals internationale Aufmerksamkeit, als sie im selben Jahr ihr Deutschlanddebüt als Elsa in einer Neuproduktion des Lohengrin an der Berliner Staatsoper unter Daniel Barenboim gab. Im Sommer 1997 wurde sie dann zu ihrem Debüt bei den Bayreuther Festspielen als Eva in Die Meistersinger von Nürnberg in einer Produktion von Wolfgang Wagner unter der Leitung von Maestro Barenboim eingeladen.
Ihre Karriere führte sie anschließend an alle führenden Opernhäuser weltweit, darunter die Mailänder Scala, die Metropolitan Opera New York, das Royal Opera House in London, die Wiener Staatsoper, die Bayerische Staatsoper München, die Oper Zürich, die Hamburgischen und Dresdner Staatsopern, die Berliner Opernhäuser, das Liceu in Barcelona und die Pariser Oper. Emily Magee hat mit renommierten Dirigenten wie Marc Albrecht, Daniel Barenboim, Bruno Bartoletti, Semyon Bychkov, Riccardo Chailly, Christoph von Dohnanyi, Daniele Gatti, Sir Mark Elder, Mariss Jansons, Philipp Jordan, Zubin Mehta, Riccardo Muti, Kent Nagano, Sir Anthony Pappano, Sir Simon Rattle, Donald Runnicles, Jeffrey Tate, Christian Thielemann, Juraj Valcuha und Franz Welser-Möst gearbeitet.
Zu ihren großen Erfolgen gehören die Rolle der Marietta in einer Neuproduktion von Korngolds Die tote Stadt in Zürich, die Wiederaufnahme von Lohengrin an der Hamburgischen Staatsoper und Eva in einer Neuproduktion der Meistersinger in Florenz mit Zubin Mehta. In München sang sie Elisabeth, Eva und Donna Elvira, gefolgt von einer Neuproduktion von Verdis Stiffelio an der Oper Zürich.
Emily Magee ist in zahlreichen Filmproduktionen zu sehen, darunter ihr Debüt als Tosca am Opernhaus Zürich an der Seite von Jonas Kaufmann.
2008 debütierte Emily Magee als Arabella (Dirigentin: Simone Young) an der Hamburgischen Staatsoper, gefolgt von einer Neuproduktion der Fledermaus (Dirigent: Franz Welser-Möst) in Zürich und ihrem Debüt als Daphne (Dirigentin: Simone Young) an der Hamburgischen Staatsoper. Im Sommer 2008 debütierte sie bei den Salzburger Festspielen in Rusalka (Dirigat: Welser-Möst).
In den letzten Saisons trat die Künstlerin als Salome in einem Konzert des Hessischen Rundfunks an der Alten Oper Frankfurt, mit dem Verdi-Requiem an der Oper Kopenhagen sowie Rachmaninovs Die Glocken bei der BBC London unter der Leitung von Maestro Bychkov auf. Mit La Fanciulla del West kehrte Emily Magee an die Wiener Staatsoper zurück, gefolgt von einer Neuproduktion von Die Frau ohne Schatten (Kaiserin) an der Hamburgischen Staatsoper, Gurre-Lieder mit Mark Elder und dem BBC Philharmonic Orchestra sowie Konzerten von Rienzi/Irene in Budapest (Palast der Künste).
Zu den Projekten in der Saison 2017/18 gehörten: Beethovens 9. Sinfonie im Wiener Konzerthaus unter der Leitung von Philipp Jordan, ihr Debüt als Euryanthe bei Konzerten mit den Dresdner Philharmonikern. An der Staatsoper Dresden debütiert Emily Magee Leonora in der Neuproduktion von La forza del destino (Regie Keith Warner). Als Eva/Die Meistersinger von Nürnberg kehrte sie auch zu den Bayreuther Festspielen zurück.
In der Spielzeit 2018/19 trat Emily Magee am Royal Opera House Covent Garden London als Sieglinde (Rollendebüt) und als Gutrune bei deren Wiederaufnahme des Ring auf. An der Wiener Staatsoper stand Arabella auf dem Programm, an der Deutschen Oper Berlin sang sie die Rolle der Ghita in einer Neuproduktion von Zemlinskys Der Zwerg. Die Saison endete mit verschiedenen Konzerten: Mahlers 8. Sinfonie im Wiener Konzerthaus, Lyrische Symphonie in der Hamburger Laeiszhalle, Konzert Walküre an der Seoul Opera, Konzert Frau ohne Schatten beim Verbier Festival und Gurre-Lieder mit dem Helsinki Philharmonic Orchestra.
Emily Magee begann die Saison 2019/20 an der Semperoper Dresden als Tosca. Mit dem San Francisco Symphony Orchestra unter der Leitung von Simone Young sang sie die Sieglinde in konzertanten Aufführungen von Die Walküre (1. Akt). Im Wiener Musikverein und in St. Pölten sang sie die Sopranpartie in Verdis Requiem.
Projekte der Spielzeit 2020/2021 waren unter anderem Tristan und Isolde in Sydney und Melbourne, und Der fliegende Holländer konzertant in Lyon.