Das Repertoire verarmt: Hindemith, Schönberg, Toch, Mendelssohn Bartholdy u.a. dürfen nicht mehr gespielt werden. „Nichtarische“ Musiker werden entlassen, die wirtschaftliche Situation des Orchesters wird katastrophal.
Nach einem beeindruckenden Dirigat von Beethovens Neunter wird Paul van Kempen neuer künstlerischer Leiter. Er vermeidet offene Konflikte mit dem Regime, folgt aber seinen künstlerischen Überzeugungen beim Repertoire und der Besetzung.
Das Orchester wird zu Wehrmachtskonzerten und Auftritten in Rüstungsbetrieben sowie zu Konzerten in besetzten Gebieten verpflichtet. Die Dresdner Philharmonie und Paul van Kempen wirken im Spielfilm "Symphonie eines Lebens" mit und reisen für die Dreharbeiten von Mai bis Juli mehrmals nach Berlin.
Nach Schwierigkeiten mit den NS-Behörden verlässt Paul van Kempen Dresden. Die Dresdner Philharmonie wird nun von Gastdirigenten geleitet, u. a. von Eugen Jochum, Willem Mengelberg und immer wieder von Carl Schuricht.
Goebbels verfügt die Schließung aller Konzerthäuser und Theater. Das Orchester gibt keine Konzerte mehr, viele Musiker werden zur Wehrmacht oder in die Kriegsindustrie eingezogen.
Bei den Luftangriffen wird das Gewerbehaus zerstört. Noten, Instrumente, Möbel und das Archiv der Dresdner Philharmonie gehen dabei verloren.