Gunter Berger erhielt seine musikalische Ausbildung in den  Fächern Schulmusik und Orchesterdirigieren an den Musikhochschulen Weimar und Leipzig.

Seit 1990 widmet er sich hauptsächlich der Chormusik sowohl mit Kindern als auch mit Erwachsenen. Als Leiter des MDR Kinderchores von 1990 bis 2011 führte er diesen zu europäischer Geltung. Darüber hinaus arbeitete er beispielsweise mit dem Gewandhauschor Leipzig, mit der Berliner Cappella und vielen anderen Ensembles zusammen.

Seit der Spielzeit 2012/13 leitet Gunter Berger als Chordirektor die Philharmonischen Chöre Dresden.